STEP4の「切り抜く」の部分が少しややこしいようですので、こちらを細くしておきます。 ということで、二つのレイヤーがある場合に片方のレイヤーの選択範囲でもう一方のレイヤーを切り抜く方法を解説します。

STEP1, 二つのレイヤーを用意します

ステージ上に二つのレイヤーを用意します。
一つは「A」もう一つを「B」とします。
二つのオブジェクトは「選択範囲の統合」などでビットマップに変換しておきます。（でないと選択範囲が作成できません。）

STEP2, Aのレイヤー上でBの選択範囲を作る

レイヤーパレットで「A」を選択したまま、「Alt」を押しながら「B」のレイヤーをクリックします。するとレイヤーパレット上ではAが選択されている状態のままBの選択範囲が作成できます。

STEP3, 選択範囲を反転

「Ctrl＋Shift＋I」で選択範囲を反転します。

STEP4, 切り抜く

Backspaceで切り抜きます。AとBが重なっている箇所だけ残して切り抜きできました。

同じ方法はマスクを使ってもできるのですが、マスクを使うと容量が重くなりがちなのでこの方法も覚えておくとよいかと。